L’exonération applicable aux indemnités journalières versées par les organismes de Sécurité sociale (ou de la mutualité sociale agricole) aux victimes d’accident du travail (ou pour leur compte) ou aux personnes atteintes d’une maladie professionnelle ne portera désormais plus que sur 50% de leur montant.

Pour le solde, ces indemnités temporaires seront soumises à l’impôt sur le revenu comme les traitements et salaires.
Sont toujours exonérées en totalité les indemnités «allouées à des personnes atteintes d’une affection comportant un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse ». (Article 80 quinquies du Code général des impôts), «ainsi que les prestations et rentes viagères servies aux victimes d’accident du travail ou à leurs ayants droit» (article 81 du Code général des impôts).
Les autres indemnités journalières versées en cas de maladie non professionnelle ou de congé maternité restent imposables pour la totalité de leur montant.

Cette fiscalisation partielle s’applique aux indemnités journalières d’accident du travail ou de maladie professionnelle versées à compter du 1er janvier 2010.

Source : article 85 Loi de finances pour 2010